燃油滤清器是串联在燃油泵和节流阀体进油口之间的管路上。燃油滤清器的作用，是把含在燃油中的氧化铁、粉尘等固体杂物除去，防止燃油系统堵塞（特别是喷油嘴）。减少机械磨损，确保发动机稳定运行，提高可靠性。燃油器的结构由一个铝壳和一个内有不锈刚的支架组成，在支架上装有高效滤纸片组成，滤纸片成菊花形，以增大流通面积。电喷滤清器不能与化油滤清器通用。由于电喷滤清器经常承受200—300KPA的燃油压力，该滤清器耐压强度一般要求达到500KPA以上，而化油滤清器则没有必要达到如此高的压力。
柴油滤清器
柴油滤清器的结构大致与机油滤清器相同，有可换式和旋装式两种。但其承受的工作压力和耐油温要求较机油滤清器低得多，而其过滤效率的要求却比机油滤清器高得多。柴油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有采用毛毡或高分子材料的。
柴油滤清器又可以分为柴油水分离器，柴油精滤器。油水分离器的重要功能就是分离柴油中的水。水的存在对于柴油机供油系统危害极大，锈蚀、磨损、卡死甚至会恶化柴油的燃烧过程。由于中国柴油中的含硫量较高，在燃烧发生时，甚至会和水反应生成硫酸腐蚀发动机部件。传统的除水方式主要是沉淀，通过漏斗结构。国三以上排放的发动机对水分离提出更高的要求，高的要求就需要采用高性能的过滤介质。
柴油精滤器是用来过滤柴油中细小的颗粒，国三以上排放的柴油发动机主要是针对3－5微米颗粒的过滤效率。
汽油滤清器
汽油滤清器有化油器式和电喷式之分，
使用化油器的汽油发动机，汽油滤清器位于输油泵进口一侧，工作压力较小，一般采用尼龙外壳，电喷式发动机的汽油滤清器位于输油泵的出口一侧，工作压力较高，通常采用金属外壳。汽油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有使用尼龙布、高分子材料的。